微生物の多様性を評価する

大規模な微生物群集の系統学的構成を迅速かつ正確に解明する方法が、今週のオンライン版『Nature Methods』で発表される。この研究では、ヒトマイクロバイオームプロジェクトとMetaHIT（metagenomics of the human intestinal tract；ヒト消化管メタゲノミクス）のデータを組み合わせ、ヒトの腸に関する現時点で最大のメタゲノムプロファイルを得ている。

微生物はすべての自然環境で重要な役割を果たしており、ヒトの健康に対する影響がますます研究されるようになっている。その影響を真に解明するには、微生物群集の構成を知る必要があり、その取り組みを可能にするのは高処理能の配列解読である。しかし、コンピューターを利用して配列データから群集のプロファイルを明らかにする現在の方法は、大きなデータセットを取り扱うには速度不足であったり、種または属のレベルで正確な特定を行うことができなかったりしている。

Curtis Huttenhowerたちは、速度も精度も高いプログラムを用いてそうした問題を解決した。MetaPhlAn （metagenomic phylogenetic analysis；メタゲノム系統分析）は、数百万本の短い配列リードを数分で正しい分類群に当てはめることが可能で、その量を推定することもできる。その速度と精度は、マーカーのデータベース上でリードの位置を特定することによって実現されているが、そのマーカーは、それぞれがリードを種、属、またはそれ以上の分類レベルに明確に割り当てるものとなっている。

doi:10.1038/nmeth.2066

「Nature 関連誌注目のハイライト」は、ネイチャー広報部門が報道関係者向けに作成したリリースを翻訳したものです。より正確かつ詳細な情報が必要な場合には、必ず原著論文をご覧ください。

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