注目の論文
細菌ゲノムを直接的に組み立てるためのエラーのない長いリード
Nature Methods
2013年5月6日
Error-free long reads for straightforward bacterial genome assembly
数千塩基に及ぶ長いDNA配列のリードをエラーなく得る方法が、今週オンライン版で発表される。その方法では、一分子リアルタイム(SMRT)配列解読法を用い、標準配列によらずに細菌ゲノムを組み立てる工程を単純化することにより、それが生態学的、病理学的に担う役割に関する理解を深め、その進化をたどることができる。
通常、細菌ゲノムは、次世代配列解読機で得られる短いDNA配列をつなぎ合わせて組み立てられるが、それでは空白領域が残り、それを埋めるのは困難である。最近の複合的方法は異なる配列解読法を組み合わせ、一般的な次世代配列解読機で得られるような短いリードの組み立てで残される空白を、SMRT配列解読法の精度が劣る長いリードからの情報を利用して埋めている。この方法では、複数の配列解読ライブラリーと配列解読機が必要になる。
長いリードは多くの配列解読用途のために絶えず渇望されてきたが、エラー率がその有用性の妨げとなってきた。Jonas Korlachたちの方法は、同じライブラリーの短いリードを利用して長いリードのエラーを修正するもので、完全に自動化された工程で細菌ゲノムおよび細菌人工染色体をきわめて高品質に空白なく組み立てることを可能とする。この方法では、厄介な反復配列も効果的に処理される。
doi: 10.1038/nmeth.2474
注目の論文
-
4月16日
医学研究:一部の患者では、抗体がパーキンソン病の運動機能症状の進行を遅らせる可能性があるNature Medicine
-
4月11日
生態学:森林管理の認証制度が哺乳類の大型種と絶滅危惧種の保護に役立っているNature
-
4月11日
医学:インフルエンザ感染に伴う肺損傷の予防薬候補がマウスの試験で好結果Nature
-
4月9日
身体に触れられると精神的・身体的な健康が向上する可能性があるNature Human Behaviour
-
4月4日
医学研究:希少疾患に対するmRNA医薬の臨床試験Nature
-
4月3日
遺伝学:左利きに関連する希少な遺伝子バリアントを調べるNature Communications