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集団遺伝学：アイスランド人のパンゲノム参照配列
Nature 658, 8135 doi: 10.1038/s41586-026-10924-7
参照バイアスは、参照ゲノムにマッピングされたショートリードを解析するゲノム研究の大半に影響を及ぼす問題である。この問題は、パンゲノムで表現されている複数のハプロタイプへのマッピングで軽減できる。本研究で我々は、参照バイアスに対処する2つの新たな手法として、パンゲノム構築用のEmblaskと、パンゲノムへの大規模マッピング用のWeaverを提示する。Emblaskは、両親と子の3人組データを対象に、ロングリードとショートリードを組み合わせてハプロタイプを分離し、両ハプロタイプのアセンブリを作製するパイプラインである。我々は、Emblaskを用いてアイスランド人の698ハプロタイプをアセンブルし、これらをヒトパンゲノム参照コンソーシアム（HPRC）のパンゲノムに追加することで、5141万の小規模バリアントを収録するアイスランド人パンゲノム参照配列（HPRC-ICE）を構築した。我々はまた、Weaverを用いて5万7630人のアイスランド人のショートリードをHPRC-ICEにマッピングし、9896万のバリアントを検出した。これは、線形の参照配列へのマッピングと比べて6.17％の増加に相当する。マッピングが難しい領域において新たなバリアントが見いだされ、その中には、早期発症パーキンソン病と関連するGBA1の病原性一塩基多型（SNP）と、ホモシスチン尿症の原因となるCBSのミスセンスSNPが含まれていた。さらに我々は、英国バイオバンクにおいて、英国人およびアイルランド人の参加者42万9193人について標的領域を再マッピングし、GBA1の関連を再現した。
