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がん：1364例の乳がんにおける全ゲノムの特色
Nature 649, 8099 doi: 10.1038/s41586-025-09812-3
乳がんは依然として､主要な世界的健康課題の1つであり続けている。今回我々は、乳がんゲノムの全体像とゲノム特性の臨床的有意性を包括的に明らかにするために、臨床的に注釈付けされた1364例の乳がんの全ゲノム塩基配列の解析を行った。ほとんどの例についてはトランスクリプトームデータも利用可能であった。この研究によって、発がん性変化のレパートリーが広がり、新規なドライバー遺伝子や繰り返し現れる遺伝子融合、構造バリアント、コピー数変化が明らかになった。コピー数変化のタイミングの解析によって、ゲノム不安定性は腫瘍診断の数十年前に生じていることが示唆され、腫瘍発生の早期開始に関する知見が得られた。変異シグネチャー、相同組換えの欠損、腫瘍変異負荷、腫瘍不均一性スコアなどのパターン駆動型のゲノム特性は臨床転帰と関連しており、それらが、CDK4/6阻害剤やHER2阻害剤などによる治療、またアジュバント化学療法やネオアジュバント化学療法などの臨床評価に対する予測バイオマーカーとして有用と思われることが明らかになった。これらの知見は、ゲノム変化が患者の転帰をどのように形作るかについての理解を進める際に、臨床的にアノテーションされた大規模な全ゲノム塩基配列解読が大いに有用であることを強調している。
