遺伝学：遺伝学と疾患の関連性による大規模な血漿プロテオミクスの比較
Nature 622, 7982 doi: 10.1038/s41586-023-06563-x
血漿中の数千のタンパク質を測定するハイスループットプロテオミクスプラットフォームと、ゲノムおよび表現型の情報を組み合わせると、ゲノムと疾患の間のギャップを埋めることができる。今回我々は、英国バイオバンクのファーマ・プロテオミクス・プロジェクトで得られたOlink Explore 3072データの関連解析を行った。このデータは、表現型データと遺伝子型データのある英国バイオバンク参加者5万人以上の血漿試料について調べたものであり、参加者は英国またはアイルランド、アフリカ系、南アジア系に層別化されている。我々は、この結果を、アイスランド人3万6000人の血漿についてのSomaScan v4研究の結果と比較した。そのうちの1514人についてはOlinkデータも利用できた。2つのプラットフォーム間には、弱い相関関係が見つかった。シスのタンパク質量的形質座位は、2つのプラットフォームのアッセイで同等の絶対数（Olinkでは2101、SomaScanでは2120）が検出されたが、アッセイの性能を裏付ける証拠のあるアッセイの割合は、Olinkプラットフォームの方が高かった（72％対43％）。かなりの数のタンパク質がプラットフォーム間で異なるゲノム関連を示した。我々は、プラットフォーム間の違いが、タンパク質レベルと疾患研究の統合から導き出される結論に影響を及ぼし得る例を示す。また、多様な祖先を持つ英国バイオバンクの参加者を活用することが、新たな関連の検出やゲノム上の位置の精密化にどのように役立つかを実証する。我々の結果は、最もよく用いられている2つのハイスループットプロテオミクスプラットフォームから得られる情報の価値を示し、時には有用な相補性をもたらす2つのプラットフォーム間の違いを実証している。
