微生物学：dual RNA-seq法によって宿主–病原体相互作用における非コードRNAの機能が明らかになった

細菌はさまざまな低分子RNAを発現するが、標準的な毒力評価法では安定した表現型が現れることが少ないため、病原性に低分子RNAが果たす調節的な役割はほとんど解明されていない。今回我々は、一般的な「dual RNA-seq」の手法を用いて、ネズミチフス菌（Salmonella enterica serovar Typhimurium）感染の際に病原体と宿主で同時にRNA発現のプロファイリングを行い、細菌のリボレギュレーターの分子的な影響を明らかにした。細菌が宿主細胞内に入り込む際に、PhoPで活性化される低分子RNAであるPinTが、侵入関連エフェクターと細胞内での生存に必要な毒力遺伝子の両方の発現を時間的に制御することが分かった。こうしたリボレギュレーターの働きは、宿主のコード転写産物と非コード転写産物に広範な変化を引き起こす。種間相関解析からPinTと宿主細胞のJAK–STATシグナル伝達との関連性が明らかになり、また、多数の非コード長鎖RNAに感染特異的な変化が認められた。今回の研究は、細胞内病原細菌とその宿主についての、物理的分離を伴わない高感度のRNA解析の範例となり、病原体遺伝子の隠れた機能を見つけるための新しい道筋も示している。

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