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進化：lncRNAのレパートリーおよび発現パターンの四肢類における進化
Nature 505, 7485 doi: 10.1038/nature12943
長鎖非コードRNA（lncRNA）の中で特性がよく分かっているものはごく一部である。lncRNAの進化史から、これらの分子の機能性に関する手がかりが得られるが、モデル生物以外ではlncRNAの注釈付けがなされていないため、比較解析は進んでいない。今回我々は、四肢類11種について、lncRNAのレパートリーおよび発現パターンに関する大規模な進化研究を行った。その結果、霊長類特異的なlncRNAが約11,000個、高度に保存されたlncRNAが約2,500個見つかり、そのうち約400個の遺伝子は3億年以上前に生じたものと考えられた。lncRNAは全般的に活発に調節されており、古いlncRNAで特にその傾向が見られること、また、主として胚発生で機能している可能性があることが分かった。大半のlncRNAは、塩基配列および発現レベルに関しては急速に進化しているが、組織特異性は保存されている場合が多い。さらに、四肢類全般で相同なlncRNAファミリーとタンパク質コード遺伝子ファミリーの発現パターンを比較して、進化的に保存された共発現ネットワークを再構築した。このネットワークは、lncRNAが精子形成やシナプス伝達などの基本的な過程で機能している可能性に加えて、胎盤発生などのより特異的な機構でもマイクロRNAの生成を通じて機能している可能性を示唆している。
