重症精神疾患に関連してみられる生殖率の低下により、リスク対立遺伝子に負の選択圧がかかり、これが自閉症、統合失調症、精神遅滞などの疾患のリスクをもたらす一般的な多型が見つかっていない一因となっていると考えられる。したがって、全体的遺伝的リスクにまれな変異が関与している割合は、これまで考えられてきたよりも大きい可能性がある。まれな単一ヌクレオチド変異とは異なり、まれなコピー数変異（CNV）は全ゲノム単一ヌクレオチド多型アレイによって検出することができる。この方法によって、精神遅滞と自閉症に関係するCNVが同定されている。統合失調症に関連するCNVの全ゲノム探索において、我々は集団ベースの標本を用い、9,878例の患者について、親からから子孫への伝達を解析してde novoのCNVを同定した。同定された66のde novo CNVに関して、統合失調症1,433症例と対照被験者33,250例で関連が調べられた。第1の標本（第1相）で統合失調症とのわずかな関連を示した1q21.1、15q11.2、15q13.3における3つの欠失は、3,285症例と7,951対照被験者の第2標本（第2相）で追試された。3つの欠失すべてが、あわせた標本で統合失調症および関連する精神障害と有意な関連を示した。これらのまれで頻発するリスク変異は、多数の創始者で独立に起こり、負の選択の影響を受け、それ自身が重要である。CNV解析はまた、統合失調症にかかわる別のより一般的な遺伝子リスク変異の同定と病態発現経路の同定につながる可能性がある。
