RNA干渉（RNAi）はさまざまな真核生物で見られる現象で、長い二本鎖RNA（dsRNA）から標的となるメッセンジャーRNAに相同な短い干渉RNAがつくられ、その結果、標的メッセンジャーRNAが破壊される。この現象は、表現型を研究するために目的とする遺伝子の発現を「ノックダウン」するのに幅広く利用されている。植物や分裂酵母、繊毛虫類、ショウジョウバエ、哺乳類の細胞では、短鎖干渉RNA（siRNA）が、ゲノムの相同な部位でDNAやクロマチンの修飾も引き起こし、その結果、転写のサイレンシングや配列の除去が起こる。siRNAが引き起こすDNAやクロマチンの修飾は、相同な部位でのsiRNAとDNAの相互作用によるのかもしれないが、siRNAと新生転写産物との相互作用によっている可能性もある。本論文では分裂酵母（Schizosaccharomyces pombe）で、RNAiによるクロマチンの修飾が引き起こされるのは、相同なDNA配列が転写されている場合だけであることを明らかにした。しかも、外来性のT7ポリメラーゼによる転写だけでは不十分である。RNAiのエフェクターであるRISC/RITS複合体の成分の1つAgo1は、標的転写産物とRNAポリメラーゼIIに結合する。RNA pol IIの調節性カルボキシ末端ドメイン（CTD）を切り詰めると、転写のサイレンシングが起こらなくなることから、他のRNAプロセシングと同様に、RNAiが誘導するクロマチンの修飾も転写と共役していることがわかる。
