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遺伝:ニワトリゲノムの物理地図

Nature 432, 7018 doi: 10.1038/nature03030

大型で複雑なゲノム配列の組み立てには、全ゲノムショットガン法と地図の助けを借りる階層的手法を組み合わせる方法が使われるようになってきた。全ゲノム地図はどんな種類のものでもゲノム配列の組み立ての参考になり、ふつうは低分解能の細胞遺伝学地図から始めて、精度の最も高い塩基配列が完成する。フィンガープリントクローン地図は、目的とするゲノムを網羅するクローンを制限酵素で完全消化し、それに基づいて最終的にはゲノム全体にほぼ連続するようクローンを組み上げてつくる地図である。クローンを基盤にしたこのような地図は、塩基配列の並び方を確認したり、組み立てた配列の長距離にわたるつながり方の情報を得たり、塩基配列を遺伝地図に対応させたりするのに使われ、ギャップを埋める際の鋳型にもなる。またフィンガープリント地図は、重複した順序のわかったゲノムクローン試料が得られるため、そのあとの機能ゲノミクス研究に不可欠な情報源でもある。本号に同時掲載された論文では、モデル動物であると同時に世界的に食糧とされているニワトリの仲間として初めて、Gallus gallusのゲノム概要配列を報告している。そして本論文では、重なり合ったクローンからなる260個のコンティグを含む被覆度20倍のGallus gallusゲノムのクローン物理地図を報告する。この地図はGallus gallusゲノムの約91%を網羅し、解読された他のゲノムとニワトリクローンとの位置の対照が可能になる。

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