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遺伝学：ヒト転写因子のDNA結合特異性を収録した拡張版コードブック
Nature 657, 8130 doi: 10.1038/s41586-026-10798-9
遺伝子発現は、特定のDNA塩基配列モチーフを認識する転写因子（TF）によって調節される。主として見かけ上のDNA結合ドメインによって特定された数百の推定ヒトTFについては、既知の結合モチーフが存在しない。さらに、特徴が十分に明らかにされているTFであっても、モチーフが生細胞での結合部位をどの程度正確に反映しているかについては議論の余地がある。今回我々は、推定の、または特徴付けが不十分な332のヒトTFについて、塩基配列特異性を決定するための体系的な取り組み（「コードブック：Codebook」）について報告する。複数のin vitroおよびin vivoアッセイを含む、4000を超える独立した実験から、TFの半数強に当たる177（53％）についてモチーフが得られ、そのほとんどは単一のタンパク質だけに関連していた。これらの結果により、ヒトTFがコードする塩基配列認識の語彙は、約130の異なるモチーフ分だけ拡張された。さらに、in vitroで特定された結合モチーフは、細胞内の結合部位に強く濃縮されていた。まとめると、これらのデータから、ヒトゲノム全体にわたって、これまで知られていなかった保存された直接的なTF結合部位が数万カ所明らかになった。これらの部位はプロモーター領域に集中しており、遺伝子発現を予測する情報となる。従って、この新しいコードブックは、ヒトゲノムの解読を進める上で重要な一歩となる。
