微生物遺伝学：ヒトおよび細菌の遺伝的多様性は口腔マイクロバイオームと健康を形作る
Nature 651, 8105 doi: 10.1038/s41586-025-10037-7
ヒトの遺伝的多様性は、栄養素や微生物が体内に侵入する入り口である口腔を含め、我々の生物学的性質のあらゆる側面に影響を与える。しかし、どのヒト遺伝的バリアントが個人の口腔マイクロバイオームを形作り、そのディスバイオーシスを促進し得るのかはほとんど分かっていない。我々は、以前に塩基配列解読が行われた唾液由来DNAの全ゲノムシークエンスリードを再解析することにより、1万2519人の口腔マイクロバイオームを特徴付けた。その結果、11の座位（うち10は新規）におけるヒトの遺伝的多様性が、口腔マイクロバイオーム組成の多様性と関連していることが分かった。これらのいくつかは糖質の利用可能性に関連しており、最も強い関連（P = 3.0 × 10−188）の1つは、ありふれたFUT2 W154X機能喪失バリアントであり、58の細菌種の存在量と関連していた。ヒト宿主の遺伝学的性質はまた、口腔細菌種の遺伝的多様性も強力に形作っているようであり、これら11の宿主遺伝的バリアントは、細菌ゲノムの68の領域における遺伝子量の多様性とも関連していた。唾液アミラーゼをコードするAMY1のありふれた多対立遺伝子コピー数多型は、口腔マイクロバイオーム組成（P = 1.5 × 10−53）および英国バイオバンクでの義歯使用（P = 5.9 × 10−35、n = 41万8039）と関連していたが、ボディーマス指数（BMI、P = 0.85）とは関連していなかった。これは、唾液アミラーゼ量が口腔マイクロバイオームに影響を与えることで健康にインパクトを及ぼすことを示唆している。さらに、マイクロバイオーム組成に関連する他の2つの座位であるFUT2とPITX1も義歯リスクと有意に関連しており、これらは総じて、う蝕に関与する多数の宿主–微生物相互作用を示唆する。
