がんゲノミクス：祖先系プロファイルおよび体細胞プロファイルが示す末端黒色腫の起源と予後

紫外線と関連のない末端黒色腫は、メキシコ人をはじめとするいくつかの非ヨーロッパ系集団で最も多く報告されているタイプの黒色腫である。ラテンアメリカ系の試料は世界中のがんゲノム研究で代表性が著しく低く、がんのリスクや発生率は、祖先系と環境曝露に影響を受ける可能性があることが知られているため、このことは、これらの地域の患者に直接的な影響を及ぼす。我々は、これに対処するため、遺伝的混合が著しい集団であるメキシコ人患者92人から採取した123例の末端黒色腫について、ゲノムとトランスクリプトームの特性解析を行った。他の黒色腫研究と比較して、我々は、BRAF、NRAS、NF1などの古典的なドライバー遺伝子の変異は少ないことを見いだした。ほとんどの患者は、主にアメリカ先住民の遺伝的祖先を持っていたが、ヨーロッパ系祖先比率の高い患者ではBRAF変異の頻度が高かった。BRAFの活性化変異を有する腫瘍は、非掌蹠皮膚メラノサイトにより類似した転写プロファイルを持っており、これらの患者の末端黒色腫は、これらの部位で生じる他の腫瘍と比べると、異なる起源細胞から生じる可能性があることを示している。転写プロファイリングによって3つの発現クラスターが明らかになり、これらの特性は無再発生存および全生存と関連していた。我々の研究は、この十分に研究されていない疾患に関する知識を深め、がんゲノミクス研究に多様な祖先からの試料を含めることの重要性をはっきりと示している。

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