がんゲノミクス：乳がんにおいて頻発する機能調節変異

腫瘍のゲノム解析から、タンパク質コード領域に存在する変異に基づいて、数百のがん遺伝子が発見されてきた。対照的に、がんを引き起こす非コード領域の変異についてはあまり知られていない。今回我々は、360例の原発性乳がんにおいて高深度塩基配列解読を行い、計算手法を開発して、有意に多くの変異が見られるプロモーターを複数突き止めた。そのうち3つの遺伝子のプロモーター内に、明確なシグナルが見つかった。ホルモン受容体陽性乳がんの既知のドライバーであるFOXA1には、そのプロモーターにE2F結合の増加を介した過剰発現につながる変異ホットスポットがある。2つの非コードRNA遺伝子RMRPおよびNEAT1は、それらのプロモーターへのタンパク質結合に影響を及ぼす変異を持ち、こうした変異は発現レベルを変化させる。我々の研究は、がんでは機能に影響を及ぼす変異がプロモーター領域に頻発しており、その頻度はコード領域と同程度であることを示している。検出力分析は、十分なサイズの患者コホートに対して高深度塩基配列解読することで、もっと多くのこのような領域が発見されることを示している。

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