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分子生物学：hiCLIP法により明らかになった、Staufen 1が認識するmRNA二次構造のin vivoアトラス
Nature 519, 7544 doi: 10.1038/nature14280
メッセンジャーRNA（mRNA）の構造は転写後調節に重要である。その主な理由は、構造がトランス作動性因子との結合に影響するからだが、完全長mRNAのin vivoでの構造についてはほとんど分かっていない。今回我々は、RNA結合タンパク質（RBP）と結合しているRNAの二次構造をトランスクリプトーム規模で明らかにできる生化学手法であるhiCLIPを開発した。この方法を使ってヒト細胞でStaufen 1（STAU1）が結合したRNAの構造を調べ、分子内RNA二本鎖が非常に多いこと、活発に翻訳されているmRNAのコード領域には二本鎖がほとんどないこと、3′非翻訳領域（UTR）には長距離にわたる二本鎖が予想外に多いこと、二本鎖形成領域には一塩基多型が他より少ないことを明らかにした。また、Xボックス結合タンパク質1（XBP1）mRNAの3′UTRに858ヌクレオチドにわたる二本鎖があって、細胞質でのスプライシングと安定性を調節していることも分かった。この研究により、mRNAの二次構造が遺伝子発現に非常に重要な役割を果たしていることが明らかになり、hiCLIP法が新規なRNA二本鎖、特に離れた領域にまたがる二本鎖の検出に広く使える手法であることが示された。
