ゲノミクス：マウスとヒト間での調節情報保存の原理

遺伝子調節機構の進化についての理解を深めることを目的として、我々はヒトとマウスの赤血球系前駆細胞株、リンパ芽球株および胚性幹細胞株で、34個の相同な転写因子（TF）の占有状況プロファイルを作成した。本論文では、ゲノム全域での、TFの占有状況レパートリー、関連するエピジェネティックなシグナル、およびTFの共会合パターンを合わせることにより、マウスとヒトの系統分岐以後に見られるようになった遺伝子調節の特徴に関するいくつかの進化的原理を推定する。ゲノム分布プロファイル、一次結合モチーフ、クロマチンの状態、およびDNAメチル化傾向は、TF占有配列でよく保存されている。しかし、相同なTFが結合する相同なDNA断片の範囲は、TF間でも、またゲノム上の位置によっても変動する。つまり、プロモーターでの結合は、遠位エレメントでの結合よりも高度に保存されている。占有状況が保存されたTF占有配列に、多面発現的傾向があることは特に重要で、これらの配列は複数の組織で機能していて、また、多くのTFと共会合する。調節機能を持つ可能性のある部位の一塩基多様体は、占有状況が保存されたTF占有配列に豊富に存在する。

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