がんゲノミクス：21種類の腫瘍におけるがん遺伝子の発見とサンプリング飽和度分析

任意の種類の腫瘍を見た場合、少数のがん遺伝子は高頻度（> 20％）で変異しているが、ほとんどのがん遺伝子は中頻度（2～20％）で変異している。我々は包括的ながん遺伝子カタログの作成の実現可能性を詳しく検討するため、21種類のがんについて、4,742のヒトがんとそれらに対応する正常組織検体に由来するエキソーム塩基配列で体細胞性の点変異について解析した。これらの種類の腫瘍では大規模なゲノム解析によって既知のほぼ全てのがん遺伝子が確認できることが明らかになった。今回の解析で、がんで有意に変異していることが今までに知られていなかった33個の遺伝子も見つかった。その中には、増殖、アポトーシス、ゲノム安定性、クロマチン調節、免疫回避、RNAプロセシングおよびタンパク質恒常性に関連する遺伝子が含まれている。また、ダウンサンプリング分析から、サンプルサイズが大きいほど、臨床的に重要な頻度で変異している遺伝子がより多く明らかになることが示された。ほぼ飽和状態となるサンプルサイズは、バックグラウンドの変異頻度に依存する形で、1種類の腫瘍につき600～5,000検体になると推定される。この結果は、がんゲノミクスの次の段階に関する指針を得るのに役立つだろう。

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