進化：系統樹の古代の分岐を推定するには、強力な系統発生シグナルを持つ遺伝子が必要である

系統ゲノミクス研究では、異なる遺伝子系統樹どうしのトポロジーの相違、すなわち分枝の不一致（incongruence）に対処するために、連結（concatenation）の手法と、はぐれて孤立した分類群の除去やゆっくり進化する遺伝子の利用などの操作を組み合わせる。23の酵母ゲノムに由来する1070個のオルソログの系統ゲノミクス解析では、1070通りの遺伝子系統樹が出現し、それらは全て、連結によって推定された系統樹と一致しなかった。不一致の程度は、ノード間（internode）の長さが短いほど、また系統樹での位置が深い（根に近い）ほど大きくなる。注目すべきことに、大半の操作は酵母の系統樹にほとんど影響しないか、悪影響しか及ぼさなかったが、平均ノード間支持度の高い遺伝子やノード間を用いると、推定のロバスト性が著しく向上した。我々は、脊椎動物と後生動物の系統ゲノミクス・データセットの解析でも、同様の結果を得た。これらの結果は、連結とそれに関連した操作を過度に信頼することに疑問を投じるものである。また、古代の分岐を正確に再構築するには、強力な系統発生シグナルを持つ遺伝子を選び、著しい不一致がないことを実証することが重要だと考えられる。

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