Article 遺伝：Argonaute HITS-CLIPによって解読されたマイクロRNA-mRNA相互作用マップ 2009年7月23日 Nature 460, 7254 doi: 10.1038/nature08170 マイクロRNA（miRNA）は、遺伝子発現の調節に重要な役割を担っている。しかし、miRNAの作用に必要なのは、メッセンジャーRNAの6-8ヌクレオチドだけと塩基対を形成することなので、標的mRNAの予測は極めて難しい問題である。最近、クロスリンク免疫沈降により単離したRNAの高性能塩基配列決定（HITS-CLIP）によって、機能性タンパク質とRNAとの相互作用部位が同定された。今回我々はHITS-CLIPを使って、マウス脳で天然状態のargonaute（Ago、別名Eif2c）タンパク質-RNA複合体を共有結合によりクロスリンクした。これによって、Ago-miRNA結合部位およびAgo-mRNA結合部位の2つのデータセットが同時に作り出されたので、これらとバイオインフォマティクス解析を組み合わせて、miRNAと標的mRNA間の相互作用部位を同定した。また、miR-124のゲノム全体にわたる相互作用マップを検証し、P13マウス脳に最も豊富に存在する20種のmiRNAのマップも作製した。Ago HITS-CLIPは、in vivoでのmiRNA作用の特異性とその範囲を探索するための一般的な基盤となり、また、臨床に関連するmiRNA-mRNA相互作用を標的とする正確な配列が同定される。 Full Text PDF 目次へ戻る
