真核細胞のトランスクリプトームは非常に複雑である。非コードRNAがあるためタンパク質コード遺伝子の数は少なくなっており、そうした非コードRNAにはよく理解されているものもあれば、その役割の性質、範囲、機能が明らかでないものもある。ヒトのHeLa細胞およびHepG2細胞の低分子RNA（200ヌクレオチド未満）の配列を詳細に決定することにより、低分子RNAが非常に幅広いものであることが明らかになった。このような低分子RNAは、注釈付けされた遺伝子内、および注釈付けされていない遺伝子間領域の両方から作られる。総合的にみて、低分子RNAは、5′末端がキャッピングされた長鎖RNA転写産物の特徴であるCAGE（cap-analysis of gene expression）タグに一致する傾向があった。これまでに報告されているプロモーター関連低分子RNAを含む、多くの低分子RNAはキャップ構造をもつようである。低分子RNAとCAGEタグの両方を含む広範な種類に属するRNAは、注釈付けされたタンパク質コード遺伝子や非コード遺伝子のエキソン内に存在するが、エキソン-エキソン連結部にまたがって存在することもある。本論文では、まだ機構は明らかになっていない成熟mRNAのプロセシング過程で、見かけ上キャッピングされているらしい5′末端が一致する長鎖および短鎖RNAからなる、複雑なRNA集団が生じることを示す。c-MYC転写開始部位に対応する合成プロモーター関連低分子RNAを加えると、MYCメッセンジャーRNA量は低下した。今回示した研究は、細胞内の低分子RNAのカタログを拡充し、非従来型の低分子RNAの、少なくとも1つの種類の生物学的な影響を示すものである。
