Article 遺伝：HITS-CLIPは脳の選択的RNAプロセシングに対する全ゲノム規模の手がかりをもたらす 2008年11月27日 Nature 456, 7221 doi: 10.1038/nature07488 タンパク質-RNA相互作用は遺伝子発現のあらゆる面で重要な役割をもつ。しかし、生化学的手法を用いて、生体組織でこのような相互作用を解明することは難しい。本論文では、クロスリンク免疫沈降により単離したRNAの高性能塩基配列決定（HITS-CLIP；high throughput sequencing-cross linking immunoprecipitation）による、in vivoでのタンパク質-RNA結合部位の全ゲノムマッピング法を開発したので報告する。神経特異的スプライシング因子NovaのHITS-CLIP解析から、複数のマウス脳で極めて再現性の高いRNA結合マップが得られた。これらのマップから全ゲノムin vivo生化学フットプリントが得られ、Novaの結合位置によって選択的スプライシングの結果が決まるというこれまでの予測が確認された。さらに、これらのマップは、Novaのde novoの作用を予測するのに十分に有効である。HITS-CLIPにより3′非翻訳領域における多数のNova-RNA相互作用が明らかになり、Novaが脳において選択的ポリアデニル化を調節することの発見にもつながった。したがって、HITS-CLIPは、in vivoでの機能性タンパク質-RNA相互作用を同定するためのロバストで偏りのない方法を提供する。 Full Text PDF 目次へ戻る
