Article 構造生物学：MC-FoldとMC-Symのパイプライン処理による塩基配列データからのRNA構造推定 2008年3月6日 Nature 452, 7183 doi: 10.1038/nature06684 古典的なRNA 2次構造モデルでは、A・UおよびG・Cのワトソンクリック塩基対に加えて、G・Uのゆらぎ塩基対を考慮する。今回我々は、これに代えて、ヌクレオチド環状モチーフ（nucleotide cyclic motif）のセットがRNA構造を規定するという新たなモデルを使うことにした。このモデルによって、すべての塩基対のエネルギー的な寄与を有効なスコア関数に一体化でき、RNA折りたたみという問題に対処できるようになる。ヌクレオチド環状モチーフに基づくMC-FoldおよびMC-Symという2つのコンピュータアルゴリズムのパイプライン処理により、実験により決定された一連のRNA 3次元構造が塩基配列から再現可能であることを示す。これは、配列と構造の間の隔たりを埋めるのに、すべての塩基対の相互作用を考慮することの重要性を実証している。我々はこのパイプライン処理を用いて、前駆体マイクロRNAが、不適正塩基対合やバルジ構造と思われるものが多数存在すると予測されたにもかかわらず、二重らせんを作るように折りたたまれる際の規則を明らかにし、ヒト免疫不全ウイルス1の−1フレームシフトエレメントに対する新規モデルを提案する。 Full Text PDF 目次へ戻る
