実験用マウスゲノムの遺伝的変異の高密度マップは、種の進化の歴史を知る手掛かりとなり、系統間の遺伝子型、および表現型の差異の関係についての理解を深める助けになる。本論文では、4種類の野生由来系統、および11種類の古典的系統のマウスのゲノムを再解読した。ゲノム全体に高密度に分布している827万個の高品質の一塩基多型（SNP）を同定し、古典的系統どうしを対にしたあらゆる組み合わせについて、SNP率の高い（異なる亜種が祖先）区画と、低い（共通の亜種が祖先）区画を明らかにした。このデータを用いて、異なる祖先のハプロタイプを平均3つずつ含み、40,898の分節からなる全ゲノムにわたるハプロタイプマップを作製した。祖先に起因することが明確な古典的系統のハプロタイプに対するマウス（Mus musculus）亜種、M. m. domesticus、M. m. musculus、M. m. castaneusおよび雑種のM. m. molossinusの遺伝的寄与は、それぞれ68%、6%、3%および10%であり、残る13%のハプロタイプの起源は不明であった。SNPデータは部分的にかなり重複しているので、低密度でタイピングが行われた古典的近交系のこれらの遺伝子型の大多数は容易に帰属させることができ、この他の系統における変異に関する完全な見解が得られるであろう。
