Research press release


Nature Structural & Molecular Biology

Crowd-sourcing protein structure using an online game

タンパク質折りたたみオンラインゲームFolditで、レトロウイルスM-PMVのプロテアーゼの正確な結晶構造モデルが初めて作製された。Nature Structural & Molecular Biologyに報告される研究結果はさらに、ヒトが三次元問題を解く技能を現実界で生物学上の問題を解く際の利点につなげる方策を明らかにし、特に抗 レトロウイルス薬の設計に洞察を与えることを示している。

Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction(CASP)では、対戦型マルチプレイオンラインゲームのFolditを利用して、実験によってアミノ酸配列から構造決定間近なタンパク質の天然構造を参加者が予測できるようにしている。このような参加者は生物学者以外が普通で、どちらかといえば空間的推論を頼りにタンパク質の立体構造を予測する。

最新の競技結果によると、あるFolditグループが実際のデータを使ってM-PMVプロテアーゼのタンパク質構造予測に成功した。D Bakerらは、Folditグループの予測は十分正確で、研究者らがM-PMVプロテアーゼの実際の構造決定にゲーム予測を利用できたと報告している。

Online players used the protein folding game Foldit to produce the first accurate model of the crystal structure of M-PMV retroviral protease. The findings, reported this week in Nature Structural & Molecular Biology, further shows how human three-dimensional problem-solving skills can be an asset in solving real world biological problems, and specifically provides insights for the design of anti-retroviral drugs.

The Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP) allows players to predict the native structure of proteins where the amino acid sequences are close to being experimentally determined using the competitive multiplayer online game Foldit. Players are not usually biologists and instead rely on spatial reasoning to predict three-dimensional protein structures.

In a recent challenge, one Foldit group successfully used real data to predict how the protein M-PMV PR looks. David Baker and colleagues report that the predictions by the Foldit group were accurate enough that researchers were able to use the game prediction to determine the real structure of M-PMV PR.

doi: 10.1038/nsmb.2119


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