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分裂酵母:分裂酵母のゲノムおよび表現型の多様性

Nature Genetics 47, 3 doi: 10.1038/ng.3215

種内の自然変異はゲノムの進化および機能を知る手掛かりとなる。分裂酵母(Schizosaccharomyces pombe)は真核生物の生物学の重要なモデルであるが、研究者たちは通常1つの標準的な実験室株を使用する。分裂酵母モデルの有用性を高めるために、161の自然分離株においてゲノムおよび表現型の多様性を調査した。この全ての株のゲノムの塩基配列を決定したところ、中程度の遺伝的多様性(π=3×10−3置換/部位)と、弱い全体的集団構造が見られた。我々は、分裂酵母の分布拡大が古代人類の時代(およそ紀元前340年頃)に始まり、これらの株の祖先はおよそ紀元1623年頃に南北アメリカ大陸に到達したと推定している。74の形質を定量することで、遺伝性の表現型多様性が大きいことを見いだした。223形質についてのゲノムワイド関連研究を行い、89形質が少なくとも1つのバリアントとの関連を示すことを示した。各形質の最も有意なバリアントは、表現型分散の平均として22%を説明し、また、インデル(挿入欠失)はSNPよりも大きい効果を持っていた。この解析は、扱いやすいモデルでの遺伝子型–表現型の関係を調べるための豊富な情報を含んだリソースである。

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