Analysis

コンピューターのワークフローの再現性は連続解析によって自動化される

Nature Biotechnology 35, 4 doi: 10.1038/nbt.3780

実験の再現、検証および拡張は、科学の進歩にとって極めて重要である。コンピューター実験は、スクリプト可能であるため、再現が容易なはずである。しかし、コンピューター解析は特定の計算環境で設計および動作が行われるため、手順書を用いて再現することは困難または不可能な場合がある。本論文では、再現可能なコンピューター解析を可能とするワークフロー「連続解析(continuous analysis)」を開発したことを示す。連続解析では、仮想マシンに類似したコンテナー技術「Docker」を、ソフトウエア開発技術「継続的インテグレーション」と組み合わせ、ソースコードやデータの更新または改良が行われるたびにコンピューター解析を自動再実行する。これにより、研究論文の著者に連絡を取らずに結果を再現することが可能となる。連続解析は、査読者、エディターおよび読者がコードを手動でダウンロードおよび再実行せずに再現性の検証を行うことを可能とし、共有不可能なデータの解析に関する監査証跡を実現する。

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