シス調節活性に対するクロマチン構造の影響を分析する超並列レポーター分析法

ゲノム中の遺伝子の位置は発現に大きく影響することがある。これは、局所的に作用するシス調節配列（CRS）の活性がクロマチン内の領域の違いによって変化するためである。今回我々は、CRSと領域的クロマチンがどのように協調して働くのかをゲノム規模で調べた。本論文では、特定の多数のゲノム位置にそれぞれ組み込まれた数百種類のCRSの活性を測定する超並列レポーター遺伝子分析の結果を示す。ゲノム位置はCRS活性に強く影響するが、CRSの相対的な強度は全ての染色体位置で維持されていた。CRSの固有活性は、プラスミドによる分析での活性とも相関していた。得られたデータは、局所的CRSとその領域的クロマチン環境との高度に複雑な配列特異的相互作用またはタンパク質特異的相互作用ではなく、その2つの要因の独立した寄与によって発現レベルを決定する定量的モデルによって説明された。今回示した方法は、調節情報がどの時点でモジュール式に組み込まれるのか、また調節配列がどの時点でさらに複雑に相互作用するのかを明らかにするのに有用と考えられる。