Brief Communication

連続分類アルゴリズムによる強力なshRNAの予測

Nature Biotechnology 35, 4 doi: 10.1038/nbt.3807

強力なマイクロRNAに基づく短鎖ヘアピンRNA(shRNA)を予測する連続分類アルゴリズムSplashRNAを紹介する。公表済みのデータセットおよび新たなデータセットによって訓練されたSplashRNAは、従来のアルゴリズムを超える性能を持ち、任意の遺伝子に対する最も効率的なshRNAを高い信頼度で予測する。最適化されたmiR-Eバックボーンと組み合わせることにより、SplashRNAで高スコアと予測されたものの90%以上が、1カ所のゲノム組み込み部位からの発現で85%以上のタンパク質ノックダウン引き起こした。SplashRNAは、機能喪失の遺伝学研究の正確度を大幅に改善することができ、コンパクトなshRNAライブラリーの構築を容易にする。

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