免疫学：CTCFは長距離のコヒーシン駆動型のV(D)J組換えスキャンを調整する
Nature 586, 7828 doi: 10.1038/s41586-020-2578-0
RAGエンドヌクレアーゼは、B細胞前駆細胞（プロB細胞）においてIgh座位のV(D)J組換えを開始させる。RAGは、組換え中心にあるJHに結合すると、ループ突出（コヒーシンが仲介している可能性がある）を介して上流のクロマチンをスキャンし、D断片の位置を見つけてDJHベースの組換え中心を組み立てる。D断片の上流にあるIGCR1内のCTCFループ形成因子結合エレメント（CBE）は、RAGによるスキャンを妨げるが、それらが不活化されると、近位のVH断片のスキャンが可能になり、近位VH領域にある別のCBEが再編成を活性化して、そこから上流のスキャンが妨げられる。遠位のVHの利用には、Igh座位の大規模な収縮が起きた後の、組換え中心への拡散による接近が関わると考えられている。今回我々は、G1期で停止させたv-AblプロB細胞株において、遠位VHの使用を仲介するRAGによる直線的なスキャンの可能性を調べた。これらの細胞では、ロバストなD-to-JHの再編成が起こるが、VH-to-DJHの再編成はほとんど起こらず、これは座位収縮が起こらないことに起因すると考えられる。我々は、オーキシン誘導性の手法を用いて、これらのG1期停止細胞株においてコヒーシン構成要素であるRAD21あるいはCTCFを分解した。RAD21の分解では、組換え中心に位置するDQ52-to-JH結合（拡散による対合が起こる）を除いて、RAGスキャンに関連する全てのV(D)J組換えと相互作用が起こらなくなった。重要なことに、CTCFの分解では、CBEベースのほとんどのクロマチン相互作用は抑制されたが、組換え中心と遠位VHとのロバストな相互作用や、遠位VHへのロバストなVH-to-DJH結合が促進され、これらのパターンは「座位収縮の起こる」初代プロB細胞のパターンと類似していた。従って、CTCF結合スキャン障害活性が低下することで、2.7 MbのIgh座位全体にわたってコヒーシン駆動型のRAGスキャンが促進される。
