微生物遺伝学：イエメンでの2016～2017年のコレラのエピデミックに関するゲノムに基づく手掛かり

イエメンでは現在、我々が知る限りでは近年最大のコレラのエピデミック（大流行）が起こっている。最初の症例群は2016年9月に公表され、それ以来110万以上の症例と2300人以上の死亡が報告されている。我々は、イエメンの今回のエピデミックのコレラ菌（Vibrio cholera）分離株と周辺地域の最近の分離株のゲノムの塩基配列解読を行い、系統発生学的関係、発症機序、抗微生物薬耐性の決定要因について調べた。得られた計116のゲノム塩基配列は、第7次パンデミック（世界的大流行）の血清群O1型およびO139型コレラ菌エルトール生物型の1087分離株からなる全球コレクションの系統発生学的範囲内に位置していた。イエメンのエピデミックの2回の疫学的流行の波［初回は2016年9月28日～2017年4月23日（疑われる症例2万5839件）、2回目は2017年4月24日以降（疑われる症例100万件以上）］の際に採取された分離株は、第7次パンデミックの血清群O1型コレラ菌エルトール生物型（7PET）系統の単一の亜系統である小川型コレラ菌分離株であることが示された。我々はゲノム手法を用いて、イエメンのエピデミックを全球規模のパンデミックコレラ菌の拡散に結び付け、さらにこの亜系統は南アジアに起源があり、イエメンに出現する前に東アフリカで大発生を引き起こしたことを示す。加えて、イエメンの分離株は、コレラ治療に一般的に用いられるいくつかの抗生物質やポリミキシンB（耐性がエルトール生物型のマーカーとして用いられる）に感受性であることを示す。

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