Letter
生物学的手法：単一細胞のRNA速度
Nature 560, 7719 doi: 10.1038/s41586-018-0414-6
RNAの量は個々の細胞の状態に関する強力な指標である。単一細胞RNA塩基配列解読は、優れた定量的精度、感度、スループットでRNAの量を明らかにできる。しかし、この手法は、ある時点での静的なスナップショットしか捉えられず、胚形成や組織再生などの時間分解現象の解析には課題がある。今回我々は、遺伝子発現状態の時間微分をRNA速度（RNA velocity）とし、これが、一般的な単一細胞RNA塩基配列解読プロトコルにおいて、スプライシングを受けていないmRNAとスプライシングを受けたmRNAとを識別することで直接推定できることを示す。RNA速度は高次元ベクトルであり、個々の細胞の将来の状態を数時間の時間スケールで予測する。我々は、RNA速度の精度を神経堤細胞系譜で検証して、発表されている多数のデータセットや技術的プラットフォームにおいてRNA速度が使用できることを実証し、さらに、発生中のマウス海馬において分岐していく細胞系譜図を明らかにし、ヒト胎児脳において転写の速度論を調べた。RNA速度は、特にヒトにおいて、発生における細胞系譜や細胞動態を解析するのに大いに役立つと期待される。
