がん免疫療法：ネオアンチゲン適応度モデルは免疫チェックポイント阻害療法に対する腫瘍の応答を予測する

免疫チェックポイント阻害療法は、宿主の免疫系に腫瘍細胞を認識させて破壊させることができる。その臨床効果には、活性化されたT細胞によるネオアンチゲン（がん細胞の表面に提示される腫瘍特異的な変異ペプチド）の認識が関係している。本論文では、ネオアンチゲンの免疫相互作用に基づいて、腫瘍の免疫療法に対する応答を予測できる適応度モデルを示す。このモデルでは、2つの主要な因子がネオアンチゲンの適応度を決定する。すなわち、主要組織適合遺伝子複合体（MHC）によるネオアンチゲン提示の可能性と、その後のT細胞による認識である。我々は、各ネオアンチゲンの野生型に対する相対的なMHC結合親和性と、ネオアンチゲンと既知抗原との配列類似性への非線形依存性を利用して、これらの要素を推定した。不均一な腫瘍の進化を記述するために、その適応度を、腫瘍のサブクローン中の優性ネオアンチゲンの加重効果として評価した。このモデルは、抗CTLA-4抗体を投与した黒色腫患者と、抗PD-1抗体を投与した肺がん患者の生存期間を予測できた。我々の方法で見つかった低適応度のネオアンチゲンを、新しい免疫療法の開発に利用できる可能性があることは重要である。免疫適応度モデルを用いて免疫療法を研究することにより、腫瘍の進化や急速に進化する病原体との間に幅広い類似性があることが明らかになった。

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