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環境微生物学：シロイヌナズナの葉および根の微生物相の機能的重複
Nature 528, 7582 doi: 10.1038/nature16192
健康な植物の根および葉には分類学的に構造化された細菌集団が存在し、このような群集に属する細菌は植物の成長や健康に関わっている。我々は、シロイヌナズナ（Arabidopsis）の葉と根に由来する微生物相の培養コレクションを確立した。これは培養によらない集団塩基配列解析によって再現性よく検出される細菌種の大多数に当たる。葉と根の微生物相で分類学的な重複が広範囲にわたっていることが分かった。400の分離株のゲノム概要配列から、葉と根に由来する細菌の間では、ゲノムにコードされた機能の大規模な重複が明らかになり、個々の機能カテゴリーのレベルでも有意な違いがほとんどないことも分かった。構成がはっきり分かっている細菌群集およびノトバイオートのシロイヌナズナ培養系を用いて、単離株は同族宿主器官に自然に存在する微生物相と類似した集団を形成するが、葉または根への異所性の定着も可能であることが示された。このことから根と葉の微生物相のメンバーの間での相互移転の可能性が生じる一方で、ゲノム情報および再定着実験からは微生物相がそれぞれのニッチに特化していることを示す証拠が得られている。
