ゲノミクス：縦列反復配列の多様性が免疫細胞タイプ特異的な遺伝子発現を形作る
Nature 659, 8140 doi: 10.1038/s41586-026-10438-2
縦列反復配列（TR）は、ヒトゲノム全体に分布する、多型性の高い反復配列であり、遺伝子発現の重要な調節因子であるが、正確な遺伝型判定や解析が難しいため、まだ十分に調べられていない。今回我々は、2つのコホートの1925人の全ゲノム塩基配列解読データと、これらの人々から得られた540万以上の血液由来細胞の単一細胞RNA塩基配列解読データを生成し、メタ解析によって、170万カ所以上のTR座位の多様性が免疫細胞タイプ特異的な遺伝子発現に及ぼす効果の特徴を明らかにした。その結果、6万9000以上の単一細胞の発現量的形質座位が特定され、そのうち30.7％は、28の免疫細胞タイプのうち1つのタイプに特異的であることが分かり、また、細胞状態の推定を用いて動的な調節効果を明らかにした。922人から得られた340万以上の核についての、対応する単一細胞ATAC-seq（assay for transposase-accessible chromatin with high-throughput sequencing）プロファイルから、発現に関連するTRのほぼ3分の1についてクロマチンアクセシビリティー量的形質座位が見いだされ、シス調節構造に対する協調的な効果が裏付けられた。ファインマッピングからは、解析対象遺伝子の6.1％において、1490のTRが遺伝子発現を因果的に駆動する因子の候補であると示唆され、共局在解析からは、TRが免疫形質や血液学的形質との遺伝的関連を仲介する可能性が高い200以上の遺伝子が明らかになった。総合的にこれらの結果は、ヒト免疫系におけるTRが仲介する調節のゲノム規模でのマルチオミクス像を示しており、TRが細胞タイプ特異的な調節の多様性と複雑形質の遺伝的構造に関与する重要な因子であることを確立している。
