ゲノミクス：ロングリード塩基配列解読を基盤とする、1019人の多様な人々における構造多様性

ゲノムの構造バリアント（SV）は遺伝的多様性やヒト疾患に大きく関与しているが、集団規模のコホートでは十分に特徴が明らかになっていない。今回我々は、1000ゲノムプロジェクトの26集団からなる1019人についてロングリード塩基配列解読を行い、カバー率が中程度の情報資源を構築した。線形ゲノムとグラフゲノムに基づく解析を統合することで、塩基配列分解された両対立遺伝子性SVが10万以上明らかになり、また、多対立遺伝子性の30万の縦列反復配列多型（VNTR）のジェノタイピングを行うことで、SVの特徴付けがショートリードに基づく集団規模の調査にわたって進められた。我々は、異なる集団において、欠失、重複、挿入、逆位の特徴を明らかにした。長鎖散在反復配列（L1）やSINE-VNTR-Alu（SVA）のレトロトランスポジション活性は、起源である可動性遺伝因子のクラスや座位に応じて、5′あるいは3′において独特の連続した塩基配列の伝達を仲介する。SVの切断点解析からは、SV形成や頻発する欠失事象に関与する相同性仲介過程の範囲が示された。我々のオープンアクセスの情報資源は、SVの特徴付けを進める際のロングリード塩基配列解読の価値を強調するとともに、患者のゲノムにおいてバリアントの優先順位付けを導くのを可能にする。

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