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ゲノミクス：ほぼ完全なヒトゲノムにおける複雑な遺伝的多様性
Nature 644, 8076 doi: 10.1038/s41586-025-09140-6
パンゲノム参照を構築し、複雑な構造多様性の範囲を理解するには、完全なヒトゲノムの多様なセットが必要である。今回我々は、65人の多様な人々のゲノムの塩基配列解読を行い、130のハプロタイプ分解されたアセンブリ（連続性の中央値130 Mb）を構築することで、これまでのアセンブリにおける全てのギャップの92％を埋めるとともに、染色体の39％でテロメアからテロメアまでの状態に到達した。主要組織適合遺伝子複合体（MHC）、SMN1/SMN2、NBPF8、AMY1/AMY2を含む、複雑な座位の完全な塩基配列連続性が明らかにされ、1852の複雑な構造バリアントが完全に解明された。加えて、1246のヒトセントロメアが完全にアセンブリされ、確認された。αサテライト高次反復配列（HOR）アレイの長さには最大30倍の差異が見られ、αサテライトHORアレイへの可動性遺伝因子の挿入パターンの特徴が明らかになった。ほとんどのセントロメアでは動原体の接着部位が単一であると予測されているが、エピジェネティック解析からは、セントロメアの7％に2つの低メチル化領域が存在することが示唆された。我々のデータとパンゲノムの概要参照を組み合わせると、ショートリードデータからのジェノタイピングの精度が大幅に向上し、全ゲノム推論がQV（quality value）の中央値45まで可能になった。この手法を用いると、1人当たり2万6115の構造バリアントが検出され、下流の疾患関連解析に現在適した構造バリアントの数が大幅に増加した。
