医学研究：セルフリーRNAの超高感度検出法
Nature 641, 8063 doi: 10.1038/s41586-025-08834-1
セルフリーRNA（cfRNA）の高感度な検出法があれば、非侵襲的な遺伝子発現プロファイリングや疾患の監視が容易になるだろう。本論文で我々は、cfRNAの解析のために最適化した方法であるRARE-seq（random priming and affinity capture of cfRNA fragments for enrichment analysis by sequencing）について報告する。また、血小板の混入によってcfRNAの分析がかなり混乱する可能性があることを実証し、これを克服する方法を開発した。分析的検証によって、腫瘍由来のcfRNAの検出に関してはRARE-seqが全トランスクリプトームRNA塩基配列解読法（RNA-seq）よりも感度が約50倍高く、検出限界は0.05％であることが分かった。臨床的有用性を調べるために、369人（がんもしくは非悪性腫瘍の罹患者と対照群）に由来する437の血漿試料のプロファイリングを行った。cfRNAでの非小細胞肺がん発現シグネチャーの検出は、95％の特異性で、ステージIでは20試料中6（30％）、ステージIIでは8試料中5（63％）、ステージIIIでは15試料中10（67％）、ステージIVでは96試料中80（感度83％）と、ステージとともに増加し、RARE-seqは腫瘍ナイーブctDNA（循環腫瘍DNA）分析よりも感度が高かった。チロシンキナーゼ阻害剤に対する耐性を獲得したEGFR変異体非小細胞肺がんの患者では、組織学的形質転換と変異に基づく耐性機構が共に検出された。我々はさらに、RARE-seqが原発組織の決定や良性の呼吸器疾患の評価、mRNAワクチンへの応答の追跡にも利用可能であることを実証した。これらの結果は、超高感度のcfRNA分析が持つと考えられる有用性を明確に示しており、さまざまな臨床応用に対する概念証明となる。
