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細胞生物学：irCLIP-RNP法とRe-CLIP法により明らかになったRNA上の動的なタンパク質集合体のパターン
Nature 641, 8063 doi: 10.1038/s41586-025-08787-5
RNA結合タンパク質（RBP）は、RNAのスプライシング、安定性、輸送や翻訳など、さまざまな過程を制御している。RNAとRBPの相互作用の機能不全は、ヒト疾患の発症に関係しているが、RNA上での多タンパク質集合体の性質や動態の解明は、これまでは難しかった。今回我々は、この問題に取り組むため、非同位体性ライゲーションをベースとするUVクロスリンク免疫沈降法を質量分析法と組み合わせて（irCLIP-RNP法）、目的とする任意のRBPと共にRNAに結合しているRDAP（RNA依存性結合タンパク質）を明らかにした。irCLIP-RNP法により、RNA上の多タンパク質集合体の景観が捉えられ、RDAPと主要なRBPとの間の細胞タイプ選択的な組み合わせ関係を含め、RBP–RNA結合のパターンが明らかになった。また、irCLIP-RNP法によって、上皮成長因子（EGF）に応答して起こるRDAPの動的なリモデリングも調べられ、EGFがUPF1をHNRNPCの近くに誘引すると、細胞増殖mRNAのスプライシング監視を促進することが分かった。我々は、調べた複数のRBPが同時に結合するRNAを特定するために、連続的な免疫沈降を行うirCLIP（Re-CLIP）法も開発した。Re-CLIP法では、irCLIP-RNP法で観察された結合関係が確かめられ、HNRNPCとUPF1 RBPがRND3 mRNAとDDX3X mRNAに同時に結合することが明らかになった。irCLIP-RNP法とRe-CLIP法は、生きた細胞で動的に変化するRNA–タンパク質集合体を突き止め、特性を調べるための土台となるだろう。
