進化学：真核生物の頑健な有根系統樹により真核生物共通祖先はエクスカバータ生物の形態を持っていたことが明らかになった
Nature 640, 8060 doi: 10.1038/s41586-025-08709-5
真核生物の系統樹（eToL）は全ての真核生物の関係を表すものであり、その根は、現生する複雑な生物全ての起源となった、真核生物の最終共通祖先（LECA）に相当する。LECAの特徴を復元するには、この根の位置を特定することが不可欠である。なぜなら、それは真核生物誕生プロセス（eukaryogenesis）の終点であると同時に、現生する真核生物の多様化を支えている無数の複雑な形質の進化の起点でもあるためである。しかし、進化モデルの不備、タクソンサンプリングの不足、系統解析に有用なシグナルの制約に起因する系統解析上のさまざまな誤りのため、この根の位置に関する議論は依然として決着していない。本研究で我々は、既知の全ての真核生物の巨大系統群（スーパーグループ）を含む、これまでにない規模の新たなミトコンドリアタンパク質データセットに基づき、かつてない解像度でeToLの根の推定を行った。最新の系統解析モデルを用いて100タクソン×93タンパク質のデータセットを解析し、代替的な仮説を広範に評価することにより、真核生物の根は、それぞれ複数のスーパーグループからなる「Opimoda+」および「Diphoda+」という2つの系統群の間に位置することが明らかになった。この位置はさまざまなモデルや頑健性評価で一貫して支持された。特筆すべきは、「典型的なエクスカバータ生物」を含む群が「Opimoda+」および「Diphoda+」のどちらにも含まれることであり、これは「エクスカバータ生物」の細胞構造の複雑な特徴がLECAにまでさかのぼることを示唆している。本研究は、現生する真核生物の起源となった祖先細胞に関する理解を深めるとともに、典型的な真核生物の特徴の起源と進化を研究するための極めて重要な枠組みを提供するものである。
