微生物生態学：アフリカのヒト腸マイクロバイオームアトラスを拡大する
Nature 638, 8051 doi: 10.1038/s41586-024-08485-8
集団研究は、腸マイクロバイオームと、地理的要因、ライフスタイル要因、遺伝的要因、環境要因との相互作用についての知見をもたらす。しかし、世界人口の約84％が生活する低・中所得国は、腸マイクロバイオームの大規模研究では公平に反映されていない。今回我々は、ブルキナファソ、ガーナ、ケニア、南アフリカの女性1801人から試料を採取した、腸マイクロバイオームの横断的研究であるAWI-Gen 2マイクロバイオーム計画について報告する。この研究では、農村部や園芸農業地域から、脱工業化地域や都市部の非公式居住地まで、さまざまなコミュニティーを含めることで、世界の集団多様性を非常に幅広く捉えられている。ショットガンメタゲノム塩基配列解読を用いて、都市部の集団におけるトレポネーマ（Treponema）属およびCryptobacteroides属の種の喪失やビフィズス菌（Bifidobacterium）種の獲得など、地理的要因やライフスタイルと関連するタクソンが特定された。1005の細菌メタゲノムアセンブルゲノムが明らかになり、また、抗生物質感受性が都市部の集団にTreponema succinifaciensの喪失を引き起こす要因である可能性が突き止められた。さらに、Dysosmobacter welbionisやEnterocloster属の種など、これまでにHIVと関連付けられていなかったいくつかのタクソンによって定義される、HIV感染シグネチャーが見つかった。この研究は、アフリカの人々の腸メタゲノムについての集団代表性のあるこれまでで最大の調査であり、広範な臨床バイオマーカーや人口統計データと組み合わせることで、マイクロバイオームに関連した発見のための大きな機会になる。
