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植物分子生物学：植物の転写活性化ドメインの特定
Nature 632, 8023 doi: 10.1038/s41586-024-07707-3
シロイヌナズナ（Arabidopsis）の遺伝子発現は、1900個を超える転写因子（TF）によって調節されており、それらTFはよく保存されたDNA結合ドメインの存在によってゲノム全域で見つかっている。アクチベーターTFには活性化ドメイン（AD）が含まれ、これがコアクチベーター複合体を誘導するが、シロイヌナズナのほとんど全てのTFに関して、ADの存在、位置、転写強度のいずれも分かっていない。この情報欠如に対処するため、今回我々は、酵母のライブラリー法を用いて、シロイヌナズナのADを全プロテオーム規模で実験的に特定し、シロイヌナズナのTFの半数以上にADが含まれることを発見した。我々は1553のADを注釈付けしたが、その大半は、我々の知る限りこれまでに知られていなかったものである。そして我々は得られたデータセットを使って、ADを正確に予測し、コアクチベーター複合体の集合に必要な塩基配列特性を特定するためのニューラルネットワークを開発した。そして活性化作用をもたらす6種類の異なる塩基配列特性の組み合わせを明らかにして、ADの機能分担を調べるための枠組みを作成した。さらに、古代のAUXIN RESPONSE FACTORファミリーTF内のADを突き止め、これにより、異なるクレードでもADの位置が保存されていることが明らかになった。これらの知見は、転写活性化を理解するための詳細な情報資源、天然変性領域の機能を調べるための枠組み、ADの予測モデルを提供する。
