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計算生物学：生体分子間相互作用のAlphaFold3による正確な構造予測
Nature 630, 8016 doi: 10.1038/s41586-024-07487-w
AlphaFold2の導入により、タンパク質の構造や構造間の相互作用のモデル化には大変革が引き起こされ、タンパク質のモデル化と設計での広範囲にわたる応用が可能となっている。今回我々は、拡散モデルをベースとする構造を大幅に更新したAlphaFold3モデルについて報告する。このモデルでは、タンパク質、核酸、小分子、イオンや修飾された残基を含む複合体の結合構造を予測することができる。この新しいAlphaFoldモデルでは、精度が以前の特化した多くの手法を超えて大幅に改善されており、最先端のドッキング手法と比べると、タンパク質–リガンド相互作用の精度は大幅に向上している。また、核酸に特化した予測モデルと比べると、タンパク質–核酸相互作用の精度がずっと高くなり、抗体–抗原の予測精度はAlphaFold-Multimer v.2.3と比べると大幅に高くなった。まとめるとこれらの結果は、生体分子空間全域にわたる高精度なモデル化が、深層学習の統合された単一の枠組み内で可能であることを示している。
