ゲノミクス：Slide-tagsは多モード空間ゲノミクスのための単一核バーコーディングを可能にする
Nature 625, 7993 doi: 10.1038/s41586-023-06837-4
最近の技術革新は、個々の細胞内での遺伝子発現やエピジェネティック調節のハイスループットな定量化を可能にし、複雑な組織が構築される仕組みについての理解を一変させている。しかし、これらの測定法では、プロファイリングされた細胞の空間的位置を通常手順で容易に決定することができない。今回我々は、無傷の組織切片内の単一核を、位置が既知のDNAバーコード化ビーズに由来する空間バーコードオリゴヌクレオチドでタグ付けする、新たな戦略「Slide-tags」を開発した。タグ付けされたこれらの核は、その後、多種多様の単一核プロファイリングアッセイのインプット試料として用いることができる。Slide-tagsをマウスの海馬に適用したところ、10 μm未満の空間分解脳で核の位置が決定され、得られた全トランスクリプトームデータは従来の単一核RNA塩基配列解読データと品質的に区別がつかなかった。Slide-tagsが多様なヒト組織に適用可能であることを実証するため、我々は、脳、扁桃体、黒色腫についてアッセイを行った。その結果、大脳皮質層全体にわたる空間的に多様な細胞タイプ特異的遺伝子発現と、リンパ組織においてB細胞成熟を促す受容体–リガンド相互作用の空間的状況が明らかになった。Slide-tagsの大きな利点は、ほぼ全ての単一細胞測定技術に容易に適用可能であることである。我々は概念実証として、転移性黒色腫の同一細胞内で、オープンクロマチン、RNA、T細胞受容体（TCR）の塩基配列解読によるマルチオミクス測定を行い、空間的に異なる微小環境内でがん細胞状態の移行を促す転写因子モチーフを特定した。Slide-tagsは、確立された種々の単一細胞測定技術を空間ゲノミクスのレパートリーに取り入れるための普遍的なプラットフォームを提供する。
