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生物学的手法：オリゴペイントによるハイスループットスクリーニングで見つかった3Dゲノムのドラッガブルな調節因子
Nature 620, 7972 doi: 10.1038/s41586-023-06340-w
ヒトゲノムは、複雑な染色体相互作用の集合によって駆動される、三次元クロマチンポリマーとして機能する。これらの相互作用を支配する分子的な規則は急速に解明されつつあるが、この過程を調節するタンパク質は比較的少数しか明らかにされていない。今回我々は、この欠落部分に対処するために、HiDRO（high-throughput DNA or RNA labelling with optimized Oligopaints）を開発した。これは、数千の試料で単一細胞でのクロマチン相互作用を定量的に測定できる自動画像化パイプラインである。ヒトのドラッガブルゲノムをスクリーニングすることにより、間期のゲノム折りたたみに影響を及ぼす300以上の因子が見つかった。これらの中で、43の遺伝子が、トポロジカルドメイン（TAD）間の相互作用を増加あるいは低減させることが確認された。我々の知見から、普遍的キナーゼであるGSK3Aの遺伝的または化学的な阻害が、ゲノム規模でコヒーシン依存的に、クロマチンループを形成する長距離相互作用の増加につながることが分かった。これらの結果は、核構造におけるGSK3Aシグナル伝達の重要性と、HiDROを用いて空間的ゲノム構成の新規メカニズムを特定できることを示している。
