がん：1000の腫瘍にわたって見られた腫瘍内転写不均一性の特徴
Nature 618, 7965 doi: 10.1038/s41586-023-06130-4
腫瘍はそれぞれ多様な細胞状態を含んでいて、それががん治療の中心的難問の1つである腫瘍内不均一性（ITH）の基盤となっている。最近の多数の研究で、単一細胞RNA塩基配列解読によってITHが説明され始めているが、個々の研究では少数の腫瘍についてのプロファイリングしか行われていないことが多く、転写ITHについては限られた見解しか示されていない。我々は、77の異なる研究からのデータについて、キュレーション、注釈付けおよび統合を行い、24の腫瘍タイプにわたる1163の腫瘍試料について転写ITHのパターンを明らかにした。悪性腫瘍細胞では、それぞれ数十の遺伝子で構成された41のほぼ一致したメタプログラムが見つかり、これらの遺伝子は多くの腫瘍中の細胞サブ集団で協調的に上方調節されていた。このメタプログラムは、一般的なパターン（例えば、細胞周期やストレス）と細胞系譜特異的なパターンの両方を含む多様な細胞過程をカバーしていて、我々はこれらのパターンを転写ITHの11の特徴にマッピングした。がん細胞のメタプログラムのほとんどは非悪性上皮細胞で見つかったものと類似しており、悪性ITHプログラムの大部分にはがん発生以前からばらつきがあって、それらの起源細胞が持つ生物学的特性を反映していると考えられる。さらに、このメタプログラム解析を6つのよく見られる非悪性細胞タイプに拡張し、これらを腫瘍微小環境内の細胞間相互作用をマッピングするのに使った。まとめると、本研究によってがん種横断的で包括的な単一細胞RNA塩基配列解読データセットが構築され、これはCurated Cancer Cell Atlasウェブサイトから入手可能である。また、我々はまた、このデータセットを用いて転写ITHの体系的な特性解析を行った。
