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特集：BICCN：マウス一次運動皮質に見られるアイソフォーム細胞タイプの特異性
Nature 598, 7879 doi: 10.1038/s41586-021-03969-3
完全長SMART-seqの単一細胞RNA塩基配列解読法は、アイソフォームの分解能で遺伝子発現を測定するのに使用でき、さまざまな細胞タイプに対して特異的なアイソフォームマーカーを明らかにすることができる。この方法に、RNAの空間的キャプチャーや遺伝子タグ付け法を組み合わせて使えば、多様な細胞タイプについて、アイソフォーム発現を空間的に分解して推定できる。今回我々は、SMART-seqで分析された6160個のマウス一次運動皮質細胞、MERFISHで分析された28万327個の細胞、10xゲノミクス社の塩基配列解読法で分析された9万4162個の細胞について包括的な解析を行い、遺伝子レベルの解析では隠されている細胞タイプ間でのアイソフォームの移行などを含めて、細胞タイプにおけるアイソフォーム特異性の例だけでなく、転写調節の例も見いだした。さらに我々は、アイソフォームの特異性が細胞タイプの絞り込みに役立つことを明らかにし、また、複数の解析結果を利用した単一細胞トランスクリプトームデータのマルチプラットフォーム解析から、マウス一次運動皮質において、いかなる単一の技術でも得ることのできない転写の包括的アトラスが得られることを示す。
