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医学研究：DNA塩基配列解読データを用いてT細胞画分と治療応答を定量化する
Nature 597, 7877 doi: 10.1038/s41586-021-03894-5
免疫微小環境は、腫瘍の進化に影響を及ぼし、予後判定や免疫療法への応答の予測を可能にする。しかし、腫瘍浸潤リンパ球（TIL）の測定は、適切なデータが不足しているために制限されている。DNAの全エキソーム塩基配列解読（WES）は、腫瘍変異負荷を計算して治療標的となり得る変異を特定するためによく行われている。今回我々は、T細胞受容体α遺伝子（TCRA、別名TRA）のV(D)J組換えの間に除去されるTREC（T cell receptor excision circle）からのシグナルを用いて、WES試料からT細胞画分を推定する方法である、T細胞エキソームTRECツール（T細胞ExTRECT）を開発した。TCRA T細胞画分は直交TIL推定量と相関しており、試料のタイプに非依存的である。血中TCRA T細胞画分は男性よりも女性の方が高く、腫瘍免疫浸潤や細菌塩基配列リードの存在の両方に相関していた。腫瘍TCRA T細胞画分は、肺腺がんでの予後を予測した。我々は、免疫療法を受けた腫瘍のメタ解析を用いて、腫瘍のTCRA T細胞画分が免疫応答を予測し、腫瘍変異負荷を測定する以上の価値を提供することを示す。T細胞ExTRECTを多試料がん種横断的コホートに適用したところ、腫瘍内の免疫浸潤の度合いが非常に多様であることが明らかになった。SPPL3を含む12q24.31–32のサブクローン性の喪失は、TCRA T細胞画分の減少と関連していた。T細胞ExTRECTは、体細胞の変化と共に免疫浸潤の特性を解析する上で、費用対効果の高い技術となる。
