Article
分子生物学：RNA間の全体的な空間的相互作用をin situでプロファイリングするためのRIC-seq
Nature 582, 7812 doi: 10.1038/s41586-020-2249-1
高次構造を持つRNA分子は通常、互いに作用し合い、さまざまなRNA結合タンパク質と結合することで、重要な生物学的過程を調節している。しかし、無傷の細胞におけるRNAの構造や相互作用はほとんど分かっていない。今回我々は、RNA結合タンパク質を介した近接ライゲーション手法と高深度塩基配列解読法を組み合わせた、RNA同士の分子内および分子間の相互作用を全体的にプロファイリングするRIC-seq（RNA in situ conformation sequencing）技術について報告する。この技術は、RNAの既知の二次構造や三次相互作用を再現するだけでなく、ヒト細胞におけるRNAの三次元（3D）相互作用マップの作成を容易にする。我々は、こうしたマップを用いて、ノンコーディングRNAの標的を全体的に特定し、RNAトポロジカルドメインやトランスに相互作用するハブを見つけ出した。エンハンサーとプロモーターの機能的接続性は、そうした相互作用する一対のRNAを用いて決定できることが明らかになった。さらに、スーパーエンハンサーのハブRNAであるCCAT1-5Lが、RNA結合タンパク質であるhnRNPKに加えて、MYCのプロモーターやエンハンサー由来のRNAとも相互作用し、クロマチンのループ形成を調整してMYCの転写を増強することが分かった。我々の研究から、RNAの3D構造、相互作用、調節の役割を発見する上でRIC-seqが持つ能力や適用可能性が実証された。
