微生物学：機能が未知の数千の細菌遺伝子の変異表現型

細菌ゲノムに由来する全てのタンパク質コード遺伝子の3分の1は、機能の注釈付けができていない。今回我々は、これらの遺伝子の機能を調べるために、32の多様な細菌について数十の異なる増殖条件で得たゲノム規模の変異体適応度データを示す。解析の結果、特定の機能で注釈付けされたことのない1万1779のタンパク質コード遺伝子について、変異表現型が突き止められた。多くの遺伝子は、特定の条件でのみ適応度に影響を及ぼすことからその特定の条件に関連している可能性、あるいは、類似の変異表現型を持つことから同一の細菌の別の遺伝子に関連している可能性がある。注釈付けが不十分な遺伝子のうち、2316の遺伝子が他の細菌で保存されていて、高い信頼度で関連していた。これらの保存された関連を比較ゲノミクスと組み合わせることで、DNA修復タンパク質と推定されるタンパク質が特定された。我々はまた、注釈付けが不十分な酵素および輸送体、特徴付けされていないタンパク質ファミリーについて、それぞれに特異的な機能を提案する。今回の研究は、微生物遺伝学の拡張性と、その遺伝子注釈付けの改良への有用性を実証している。

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