多細胞システム：小腸上皮の単一細胞サーベイ

腸の上皮細胞は栄養素を吸収し、微生物に応答し、障壁として機能するとともに、免疫応答の協調を助ける。今回我々は、マウスの小腸とオルガノイド由来の5万3193個の個々の上皮細胞についてプロファイリングを行い、これを用いることで、腸上皮細胞の新たなサブタイプとその遺伝子シグネチャーを特定し、特徴を明らかにした。ホルモンを分泌する腸内分泌細胞には予想以上の多様性があることが分かり、新たに特定したサブタイプの分類体系を作って、刷子細胞（タフト細胞）の2種類のサブタイプを区別した。その一方は、上皮サイトカインであるTslpと、これまで非造血系細胞では見つかっていなかった汎免疫マーカーCD45を発現していた。また、細胞固有の状態や異なる細胞タイプの比率が、細菌や蠕虫の感染に応答してどう変化するかを詳しく調べた。サルモネラ菌（Salmonella）感染はパネート細胞と腸細胞の増加を引き起こし、抗微生物プログラムを幅広く活性化した。腸管寄生蠕虫の一種Heligmosomoides polygyrusは、杯細胞と刷子細胞の増加を引き起こした。今回のサーベイで、これまで見つかっていなかったマーカーやプログラムが判明し、感覚分子と細胞タイプが関連付けられ、腸の恒常性と病原体に対する応答の原理が明らかになった。

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